在美國管理時期，運河通行費的費率是按維護(hù)和營運的成本計算的，因而運河的經(jīng)費是自籌的。每次通行收取的費用根據(jù)船舶裝貨或載客的容量計算。1914年設(shè)定的費率實際上一直沒變，持續(xù)60年之久。1973年運河的經(jīng)營第一次虧損，1974年第一次調(diào)高幾項費率。

傳統(tǒng)上，貨物都裝在甲板之下，通行費是按倉內(nèi)所載貨物計算。然而，由于船 舶設(shè)計的改變，以及廣泛以貨柜運送貨物，所以一大部分裝載貨物是在甲板上。通過運河的貨柜貨物量僅次于谷物和石油產(chǎn)品的裝運。這些變化導(dǎo)致計量規(guī)則的改變 和制定甲板上貨柜箱容量通行費的估定辦法。在巴拿馬運河委員會的領(lǐng)導(dǎo)下，巴拿馬運河管理局批準(zhǔn)了在計量規(guī)章上的類似改變，并在運河移交之后仍然保持美國管 理時期的通行費費率。

從收取的通行費中，巴拿馬運河管理局必須繳納給巴拿馬國庫年度稅費。在繳納年度稅費并付出運河的營運與維護(hù)開支后，所有的盈余也都全部上繳國庫。